《深空九号》的设想萌发于1991年，就在吉恩·罗登伯里逝世之前不久。《深空九号》的故事发生在一座太空站深空九号上（前卡达西人采矿站“Terok Nor”），由星际联邦和贝久政府共同管理，而贝久星不久前才刚从卡达西人的殖民统治中解放。根据作者之一的伯曼介绍，他和皮勒本来设想的是以一个殖民地行星为故事背景，但是他们认为一个太空站可以吸引更多的观众，并节省更多用于外景和星球表面上拍摄的资金；与此同时，他们也十分不希望这个新电视剧是发生在星舰上的，因为当时《下一代》仍然在播放中。用伯曼的话说，就是“同时有两部电视剧——两组角色——都在朝着前人所未至的领域进军，看起来真有些荒谬可笑。” [1]
在《深空九号》的首集中，太空站就从贝久星的轨道上移动到了不远处发现的贝久虫洞附近。这个虫洞通往了遥远、未知的第三象限，随之不久，深空九号就成为了新的星际贸易、探索中心，具有重大的战略价值，并且最终成为了战争的前线。
《深空九号》同其他《星际旅行》系列的不同之处，在于其连续几集甚至一个季度的剧情。而其以前的《星际旅行》电视剧，常常是在每一集结束后尽量减小甚至消除它的影响，使其他各集可以脱离这一集的剧情独自制播。但是《深空九号》则不相同，它某一集的剧情通常与上一集相衔接的。有时候一个故事情节甚至会连续上许多集，并环环相扣。这个现象在在整部电视剧后期尤为明显，这使得整部电视剧看起来似乎是刻意地被做得像连续剧。 这种方式加强了整个剧情的表现力，让角色和剧情都得以充分发展。
主要角色内部的人性冲突（例如道德和纪律，自我和集体的选择）在罗登伯里监制的两部星际旅行电视剧——《星际旅行：初代》与《星际旅行：下一代》中都是极力避免的，但是在《深空九号》中却成为了剧情的主要组成部分。这是由《下一代》的编剧们建议的（他们中的大多数也参与了《深空九号》的编剧），他们认为那样的设定限制了他们写一些精彩故事的能力。用皮勒的话说，“来自不同地域的人们——无论是多么的可敬与高贵——很自然的会有一些冲突”。
